現在会社で賃貸をしている物件（共益費こみ）　112,000円があり、
社員寮として3名が住んでいます。
会社は従業員に社員寮で1人40,000円を会社が負担していると言っています。
全額会社負担として賃貸料を支払う場合、従業員からは現物支給給与として
源泉徴収をしなければいけないと思いますが、その場合、現物支給給与を
40,000円にしてしまうと賃貸料より金額が大きくなってしまいますが、
問題はないのでしょうか？

①　課題については、給与所得税と社会保険標準報酬の２つの面から考えなければなりません。
②　給与所得税については、Webのキーワードに「現物給与の所得税」と入力して下さい。そこに国税庁の説明があります。これでなお不明であれば、税務署にお聞き下さい。
③　社会保険標準報酬については、厚生労働大臣が現物給与の価額を決めています。これによると、都道府県により異なる金額です。住宅については１人１カ月当たりの畳１畳に付いての利益額で決めています。その額は御地の年金事務所でお聞き下さい。「利益額」ですから会社負担額から本人負担額を控除した額です。
④　住宅補助は、法律上必ず支払わなければならない義務があるものではなく、支給するか否かは労使の話し合いや事業主の決定にゆだねられているものです。ただし、制度的に支払うこととし、その支給基準が定められている場合は、労働基準法上の賃金として扱われるので、就業規則、賃金規程に必ず定めなければならず、また、いったん就業規則等に支払う旨の定めをすると、事業主に支払いの義務が生じます。住宅費を実費で支給している場合も、現物供与している場合もこの点は同様で、いずれも賃金として扱われるとともに、就業規則等にその支給基準を記載する必要があります。
⑤　また、賃金に該当する限りは、労働基準法第２４条の(1)通貨払いの原則、(2)直接貨払いの原則、(3)全額払いの原則、(4)毎月１回以上払いの原則、(5)一定期日払いの原則の「賃金支払五原則」が適用されるため、現物供与する場合は、労基法第２４条に基づく労働協約の締結が必要となります（協約でその旨の定めをしなければ、「通貨払いの原則」の適用除外対象にはならず、同法違反となります）。この場合、現物供与できるのは、労働協約の適用を受ける労働者（拡張適用を含む）に限られ、また、この労働協約を、労働者の過半数で組織する労働組合や過半数を代表する者との間で交わす労使協定で代えることはできません。したがって、労働組合の無い事業所では、現物供与はできないということですので、ご注意ください。
⑥　以上のことから、課題の方法による住宅費の取り扱いは問題が多すぎます。そうでなくて、住宅手当の支払とする方が簡単では無いでしょうか。検討して下さい。

会社が負担しているという40000円は、国税庁の定める賃貸料相当額が40000円ということでしょうか。
賃貸料相当額はその計算方法がありますので、その計算に従っているのであれば、無償で貸与すれば賃貸料相当額は給与として課税されなければなりません。
ご質問の内容では、賃貸料相当額が40000円かどうかは判断できませんので、賃貸料相当額を正確に計算して判断されてください。

会社などが所有している社宅や寮などを貸与する場合に限らず、他から借りて貸与する場合でも、前に説明した三つを合計した金額が賃貸料相当額となりますので、会社が支払っている金額と賃貸料相当額は異なることはありえます。

□賃貸料相当額とは、次の(1)～(3)の合計額をいいます。
(1)　(その年度の建物の固定資産税の課税標準額)×0.2％
(2)　12円×(その建物の総床面積(平方メートル)／3.3(平方メートル))
(3)　(その年度の敷地の固定資産税の課税標準額)×0.22



> 現在会社で賃貸をしている物件（共益費こみ）　112,000円があり、
> 社員寮として3名が住んでいます。
> 会社は従業員に社員寮で1人40,000円を会社が負担していると言っています。
> 全額会社負担として賃貸料を支払う場合、従業員からは現物支給給与として
> 源泉徴収をしなければいけないと思いますが、その場合、現物支給給与を
> 40,000円にしてしまうと賃貸料より金額が大きくなってしまいますが、
> 問題はないのでしょうか？